Alpha Protocol är ett actionrollspel där du spelar som en hemlig agent som måste navigera i en värld av spionage och intriger. Spelet har ett unikt karaktärssystem som låter dig anpassa din agent med olika färdigheter och vapen. Du kan välja att vara en stealthy agent, en brutal krigare eller en diplomatisk förhandlare. Spelet har också ett intressant dialogsystem som låter dig påverka berättelsen och hur andra karaktärer reagerar på dig.